go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

介绍生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

介绍

生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。该团队来自一个自发组织的科学家团队,该团队包括核心成员周颖耀,周斌,Lars Pache,Max Chang,Christopher Benner和Sumit Chanda,以及其他贡献者。 第一个Metascape应用程序于2015年12月9日发布。Metascape从那时起经历了多次发布。它目前支持常见的模式生物的富集分析,蛋白质 – 蛋白质相互作用网络,其结果可以自动呈现为科满足科研杂志要求的形式,同时可以输出为Excel和PowerPoint演示文稿满足科研交流。Metascape

http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

分析工作流程转换:将基因标识符从流行类型(如Symbol,RefSeq,Ensembl,UniProt,UCSC)转换为人类Entrez基因ID,反之亦然。

注释:从许多功能相关的基因注释中提取,包括蛋白质家族,跨膜/分泌预测,疾病关联,复合关联等。

成员:基于所选本体内的自定义关键词搜索来筛选GO条目。

富集:识别丰富的生物学通路,特别是GO术语,KEGG,Reactome,BioCarta,以及MSigDB中收集的其他通路等。此外,丰富的GO本体术语自动聚类以减少冗余以便于解释。蛋白质 – 蛋白质相互作用网络基于BioGRID,OmniPath,InWeb_IM构建,并且识别密集组分并进行生物学解释。

优点Metascape内容丰富:Metascape将40多种生物信息学知识库整合到一个单一的用户界面中。

Metascape操作简单:实验生物学家可以快速分析多个基因列表的富集分析结果。

Metascape数据库更新更快,效果更好。

Metascape输出结果容易理解,图表质量较高。

Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。

实战

(1)Step 1粘贴基因列表或者上传基因文件。go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

上传的基因列表或者基因文件为这样的格式go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

(2)Step 2设定物种为人类。go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

(3)Step 3点Express Analysis默认的Express Analysis会把许多个数据库的信号通路混一起,出现各种冗余。比如说默认把Reactome、KEGG、Hallmark和GO数据库全部一起展示,但是一般我们科研绘图时会分别展示GO一张图,以及KEGG一张图。

因此我们会在custome Analysis里面的enrichment选项中,从下至上,选择GO相关的数据库,然后勾选pick selective,然后点击enrichment analysisgo分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

最后结果如下:go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)「建议收藏」

其他数据库,如KEGG,步骤类似上述。

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/125962.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)


相关推荐

  • pycharm不联网能运行吗_pycharm连接调试器失败

    pycharm不联网能运行吗_pycharm连接调试器失败第一步:查看你的计算机是否安装了严密的防火墙,当你开始运行编写的网络程序时他都会发出警告并且禁止你的程序连接网络你要对防火墙进行配置,让他允许你的程序或者直接关闭防火墙(慎重考虑)如下图直接关闭防火墙或者对防火墙进行设置(只要选中这两个勾,在你执行的时候会提示你是否允许XXX连接网络)第二步:因为有些代码里面可能需要根据主机名称来去本地的DNS里找对应的IP地址,由于本地的DN…

  • 关于模板函数声明与定义的问题[通俗易懂]

    c++primer上说:c++模板函数的声明与定义通常放在头文件中,而普通的函数通常是声明放在头文件中,定义放在源文件中,为什么会有这样的区别呢?模板函数与普通成员函数到底有什么区别?测试代码:tem.h#ifndef_TEM_H#define_TEM_HtemplateTadd(Ta,Tb);//{//returna+b;//}

  • strstr c语言函数实现,strstr函数实现(C语言)

    strstr c语言函数实现,strstr函数实现(C语言)strstr函数实现(C语言)second6020180601数组strstr用来字符串查找子串。数据结构顺便说一下,字符串操做函数是C语言中很是重要的函数,里面包括了指针的精华,同时对学习数据结构,如链表,数组,有很是好的练手方法。同时,知道内部实现,是基础中的基础。因此学习字符串操做函数是深刻学C的必经之路。函数#include#includeconstchar*strs…

  • MySQL——开窗函数

    MySQL——开窗函数

  • Java初学之华容道游戏

    Java初学之华容道游戏

  • Spring Boot面试题(2020最新版)

    Spring Boot面试题(2020最新版)文章目录概述什么是SpringBoot?SpringBoot有哪些优点?SpringBoot的核心注解是哪个?它主要由哪几个注解组成的?配置什么是JavaConfig?SpringBoot自动配置原理是什么?你如何理解SpringBoot配置加载顺序?什么是YAML?YAML配置的优势在哪里?SpringBoot是否可以使用XML配置?springboot…

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号