ensemble database_oracle数据库执行计划怎么看

ensemble database_oracle数据库执行计划怎么看原文来源:x2yline在生信进化树上的评论,http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.htmlEnsemble( ensembl.org网站是常用

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。如果您正在找激活码,请点击查看最新教程,关注关注公众号 “全栈程序员社区” 获取激活教程,可能之前旧版本教程已经失效.最新Idea2022.1教程亲测有效,一键激活。

Jetbrains全系列IDE使用 1年只要46元 售后保障 童叟无欺

原文来源:x2yline在生信进化树上的评论,http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html

 

Ensemble( ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 )能够对人类基因自动进行注释,包括人类,小鼠,斑马鱼,猪和大鼠等,也包括来自HAVANA的人工注释信息。
Ensembl是一项生物信息学研究计划,旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息学研究所共同协作运营。

Ensembl与NCBI的NCBI Map Viewer和UCSC是最为常用基因组检索数据库。

Ensembl 与NCBI Map Viewer和UCSC最大区别表现在以下5点:
a.Ensembl的基因数据集是依据mRNA和蛋内序列的数据信息白动注释的。数据来源为新的基因组数据,UniProt/SwissProt和UniProt/TrEMBL的蛋白序列,NCBI的RefSeq里的DNA和蛋白序列和EMBL的cDNA序列。
b.Ensembl是一个开源(Perl API )的全自动的基因注释软件系统,很多网站都采用Ensembl这套软件系统。
c.Ensembl拥存其特有的BioMart功能。BioMart可以依据设定的要求对基 因组进行条件性检索,检索的结果吋以以图表的形式给出。
d.与其它数据库相整合,比如DAS。
e.基因组间的比较分析。

基因注释机构
目前从事基因注释的机构组织有很多,这里列出的只是较为常用的几个。
1. Ensembl:目的是做出最好的基因注释集。
2.Havana (VEGA):是桑格中心的一个基因注释组织,它的目标和Eiisembl—致,因此,结合得也最紧密。
3. HGNC -给出人类基因唯一的名字和符号。
4. UniProt 主要集中于蛋白质的信息注释。

Ensembl的通用基因注释有两种,一是Ensembl GeneBuild,它是自动化注释,速度快,实时更新,在不同物种上均适用;另一种是Wellcome基金会的 Havana (VEGA)小组的注释,它是手工注释,速度慢,但是准确,它依据的都是已经验证过的mRNA和蛋白序列来注释,比较费时。因此Ensembl基因组数据库 中,会有两种注释。

Havana (VEGA)小组的注释常有以下几种类型
详细信息:http://vega.sanger.ac.uk/info/about/gene_and_transcript_types.html
Protein coding: 包括开放阅读框 (ORF).
Processed transcript:没有开放阅读框(ORF)
Pseudogene:假基因,是指脱氧核糖核酸(DNA)的碱基序列中,一段与其他生物体内已知的基因序列非常相似的片段。但是这个片段由于移码突变或者无义突变破坏了ORF,无法发挥原有的基因功能,也就是无法制造出蛋白质
IG gene:免疫球蛋白家族基因
TR Gene:T细胞受体基因
TEC (To be Experimentally Confirmed)

人类和小鼠基因组的GTF文件与GENCODE计划发布的gene set文件相同。
The GENCODE project 的目标为对人类和小鼠基因组提供高质量的注释信息和实验确证。
The GENCODE gene sets被其他项目作为参考而广泛使用(如 1000 Genomes).
详细内容:https://www.gencodegenes.org/about.html

带有abinitio扩展名的文件为用Genescan和abinitio基因预测工具生成的
预测基因的注释文件

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/167980.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)


相关推荐

  • 【整理】IDEA优化措施

    【整理】IDEA优化措施IDEA优化措施:包括快捷键、版本管理、语法规则检查、插件推荐、运行配置等

  • DOCTYPE HTML PUBLIC的官方定义

    DOCTYPE HTML PUBLIC的官方定义出现的位置:html、jsp页面中的顶部,定义部分格式如下:官方是这样定义DOCTYPEHTMLPUBLIC的!DOCTYPE指定了HTML文档遵循的文档类型定义(DTD)。Microsoft®InternetExplorer6的新增内容你可使用此声明将InternetExplorer6及以后版本切换到标准兼容

  • c2框架编写

    0x00前言由于昨天520,今天又是521,我被朋友圈和qq空间给刷屏了,都在秀对象。一气之下决定把我上次写的nc拿出来使用类进行重构,多实例化几个对象,这下子我也有对象了。0x01一些小插曲

    2021年12月11日
  • L3-001 凑零钱(回溯和0-1背包)[通俗易懂]

    L3-001 凑零钱(回溯和0-1背包)[通俗易懂]韩梅梅喜欢满宇宙到处逛街。现在她逛到了一家火星店里,发现这家店有个特别的规矩:你可以用任何星球的硬币付钱,但是绝不找零,当然也不能欠债。韩梅梅手边有 10​4​​ 枚来自各个星球的硬币,需要请你帮她盘算一下,是否可能精确凑出要付的款额。输入格式:输入第一行给出两个正整数:N(≤10​4​​ )是硬币的总个数,M(≤10​2​​ )是韩梅梅要付的款额。第二行给出 N 枚硬币的正整数面值。数字间以空格分隔。输出格式:在一行中输出硬币的面值 V​1​​ ≤V​2​​ ≤⋯≤V​k

  • win10 ipconfig flushdns 清除DNS缓存,修复上网问题

    win10 ipconfig flushdns 清除DNS缓存,修复上网问题win10ipconfigflushdns清除DNS缓存,修复上网问题
    一、使用ipconfig/flushdns命令刷新DNS解析缓存
    1、右键点击系统桌面左下角的【开始】,在开始的右键

  • PID控制电机转速

    PID控制电机转速转一个PID控制电机的小程序,被PID困扰好多天了,知道它的原理但是一直不明白如何将它运用到电机调速中间去,看了这个程序之后感觉茅塞顿开。原来也并不难^-^转载地址:呃,刚刚不小心把网页关掉了(大写的尴尬)。。。。#include#include#defineucharunsignedchar #defineuintunsignedint#define

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号