自定义 DataLoader[通俗易懂]

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

自定义 DataLoader
如数据输入一文所介绍，OneFlow 支持两种数据加载方式：直接使用 NumPy 数据或者使用 DataLoader 及其相关算子。
在大型工业场景下，数据加载容易成为训练的瓶颈。在其它的框架中，数据加载流水线往往作为单独的模块存在，需要针对不同场景进行调整，通用性不高。在 OneFlow 中，DataLoader 及相关预处理算子，与其它普通算子地位等同，可以享受与其它算子一样的流水加速效果，轻松解决大规模数据加载的痛点。
在 OneFlow 中使用 DataLoader，一般通过调用 XXXReader 加载文件中的数据，调用 XXXDeocde 等对数据进行解码或其它预处理，一起协同完成 Dataloader 的功能。
OneFlow 目前内置了一些文件格式的 DataLoader。如果想使用 DataLoader 提高数据加载的效率，但是加载的数据格式暂时没有内置在 OneFlow 中，此时，可以自己实现 DataLoader，加载自定义的数据格式。
本文实现了一个 Mini Dataloader，在仓库中可查看完整代码。
作为示例，Mini Dataloader 支持的文件格式为：以逗号分隔的每行两列数字的纯文本文件(见代码中的 part-000 及 part-001 文件)：
1.01,2.02
2.01,4.02
3.0,6.05
4.1,8.205
5,10
6.0,12.0
7.0,14.2
8.0,16.3
9.1,18.03
本文将以 Mini Dataloader 为例，对自定义格式的 DataLoader 的实现要点，进行讲解。
Dataloader 的组成
完整的 Dataloader 一般包括两类 Op：
• Data Reader：负责将文件系统中的数据，加载到内存中的输入流，并最终将数据设置到 Op 的输出中。它又可以细分为 Loader 与 Parser 两部分，Loader 负责从文件系统中读取原始数据，Parser 负责将原始数据组织为 Data Reader Op 的输出
• Data Preprocessor：将 Data Reader Op 的输出的数据进行预处理，常见的预处理有图片解码、剪裁图片、解码等
对于一些简单的数据格式，不需要预处理，可以省略掉 Data Preprocessor，只使用 Data Reader 即可。
作为示例， Mini Dataloader 处理的数据格式虽然简单，但是依然实现了 DataReader 及 Data Preprocessor 两类 op，其中：
• MiniReader 负责从文件中读取数据，并按逗号分隔字符串，将文本转为浮点数据后，设置到 Op 的输出中，输出形状为每行两列
• MiniDecoder 负责将以上每行两列的输出进行分割，得到2个每行1列的输出 x 与 y
在 test_mini_dataloader.py 中可以看到 Python 层次两者的使用：
miniRecord = MiniReader(
“./”,
batch_size=batch_size,
data_part_num=2,
part_name_suffix_length=3,
random_shuffle=True,
shuffle_after_epoch=True,
)

x, y = MiniDecoder(
        miniRecord, name="d1"
    )

以下，将介绍 C++ 层次如何实现 Data Reader 算子与 Data Preprocessor 算子。
Data Reader 算子
Data Reader 的类关系
需要实现一个继承自 DataReader 的类，该类包含了两个重要对象 loader_ 与 parser_，分别继承自 Dataset 与 Parser。
• loader_ 的工作是从文件系统中读取数据至缓冲区，Op 作者通过重写 Next 方法编写这部分的逻辑
• parser_ 的工作是将缓冲区中的数据，设置到 Op 的输出中，Op 作者通过重写 Parser 方法编写这部分的逻辑
当 Data Reader Op 工作时，会调用 loader_ 中的相关方法打开文件系统中的文件，并调用 loader_ 的 Next 方法按照 Op 作者预定的逻辑从文件系统读取数据，然后，再调用 parser_ 的 Parser 方法，将数据设置到 Op 的输出中。
以下的伪代码展示了以上类关系和调用过程，实际代码比伪代码要复杂，并不是一一对应的关系：
class DataReader{

void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) {

// 运行到此处，已经启动了多线程加速数据处理
loader->next();
parser_->Parse();
}
Dataset* loader_;
Parser* parser_;
};

class MiniDataReader : DataReader{

loader_ = new MiniDataSet;
parser_ = new MiniParser;
};

class MiniDataset: Dataset {

MiniDataset() {

//在文件系统中找到数据集，并打开文件，初始化输入流
//…
}

Next() {

// 从输入流中读取数据的逻辑
}
};

class MiniParser: Parser {

void Parse(){

// 将 DataSet 中的数据设置到 Op 的输出中
}
};
在 Data Reader Op 的 Kernel 中，会触发 DataReader 的 Read 方法，进而完成以上伪代码所展示的一连串操作。
以下针对 MiniReader 算子的真实代码进行解析。
Op 及 Kernel 注册
通过以下代码，注册了 MiniReader 的 Op：
REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP(“MiniReader”)
.Output(“out”)
.Attrstd::string(“data_dir”)
.Attrstd::int32_t(“data_part_num”)
.Attrstd::string(“part_name_prefix”, “part-”)
.Attr<int32_t>(“part_name_suffix_length”, -1)
.Attr<int32_t>(“batch_size”)
.Attr(“random_shuffle”, false)
.Attr(“shuffle_after_epoch”, false)
.Attr<int64_t>(“seed”, -1)
.Attr<int32_t>(“shuffle_buffer_size”, 1024)
.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe {

//…
*out_tensor->mut_shape() = Shape({local_batch_size, 2});
out_tensor->mut_data_type() = DataType::kDouble;
//…
})
.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext ctx) -> Maybe {

ctx->NewBuilder().Split(ctx->outputs(), 0).Build();
//…
});
可以看到，因为 Data Reader 是比较特殊的 Op，只有输出，没有输入（数据来自文件系统，而不是神经网络中的某个上游节点），只通过 Out 方法设置了输出，并在 SetTensorDescInferFn 设置了输出的性质为每行2列，数据类为 DataType::kDouble。同理，在设置 SetGetSbpFn 中设置 SBP Signature 时，只需要设置输出的 SBP 属性，将其设置为 Split(0)。
而设置的各种属性（data_dir、data_part_num 等），沿用了 OFRecord 数据集中关于文件命名规范的要求，这使得可以复用 OneFlow 中已有的相关代码，像加载 OFRecord 数据集那样，加载自定义格式的文件。
接着看这个 Op 的 Kernel 实现：
class MiniReaderKernel final : public user_op::OpKernel {

public:
//…

std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>
CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{

std::shared_ptr reader(new MiniReaderWrapper(ctx));
return reader;
}

void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx,
user_op::OpKernelState* state) override {

auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);
reader->Read(ctx);
}
//…
};

REGISTER_USER_KERNEL(“MiniReader”)
.SetCreateFn()
.SetIsMatchedHob((user_op::HobDeviceTag() == “cpu”)
& (user_op::HobDataType(“out”, 0) == DataType::kDouble));
依据自定义 Op 一文中的知识，知道 MiniReaderKernel::Compute 负责 Op 的运算逻辑。不过此处使用使用的 Compute 是包含2个参数的重载，有必要介绍下它的第二个参数 OpKernelState。
当进行 Compute 时，有时除了从 ctx 获取的信息外，还需要维护一些其他的对象，这种对象不需要反复创建，其中的信息状态可能随着 Compute 多次调用而改变。为了应对这种需求，OneFlow 提供了2个参数的 Compute 的重载，为了使用它，必须同时重写 CreateOpKernelState，CreateOpKernelState 的作用是返回一个 user_op::OpKernelState 派生类对象，这个对象，将在 Compute 调用时，作为第二个参数传递。
为此，只需要将除 ctx 外想要维护的信息，封装为 user_op::OpKernelState 的派生类，并在 CreateOpKernelState 实例化并返回即可。
具体到实现的 Mini Reader 的 Kernel，先实现了一个继承自 user_op::OpKernelState 的类 MiniReaderWrapper，它是对 MiniDataReader 的简单封装，之所以封装一层 MiniReaderWrapper 而不直接使用 MiniDataReader，仅仅是为了符合以上所述的 OneFlow 框架要求。
class MiniReaderWrapper final : public user_op::OpKernelState {

public:
explicit MiniReaderWrapper(user_op::KernelInitContext* ctx) : reader_(ctx) {}
~MiniReaderWrapper() = default;

void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) { reader_.Read(ctx); }

private:
data::MiniDataReader reader_;
};
然后，重写 CreateOpKernelState，在其内部创建一个 MiniReaderWrapper 对象：
std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>
CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{

std::shared_ptr reader(new MiniReaderWrapper(ctx));
return reader;
}
这样，在适当的时机，OneFlow 就会自动调用 CreateOpKernelState 创建对象，并将其作为第2个参数传递给 Compute。可以在 Compute 中拿到这个对象，并使用：
auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);
reader->Read(ctx);
可以看到，在 MiniReader 的 Kernel 中，仅仅是简单调用了 MiniReaderWrapper::Reader，这会触发上文伪代码中所提及的 DataReader::Read 流程。
MiniDataReader
上文伪代码中已经提及，在 MiniDataReader 内部，会实例化一个 MiniDataset 并赋值给 loader_ 指针。以下是真实代码：
class MiniDataReader final : public DataReader {

public:
MiniDataReader(user_op::KernelInitContext* ctx) : DataReader(ctx) {

loader_.reset(new MiniDataset(ctx));
parser_.reset(new MiniParser());
if (ctx->Attr(“random_shuffle”)) {

loader_.reset(new RandomShuffleDataset(ctx, std::move(loader_)));
}
int32_t batch_size = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex(“out”, 0)->shape().elem_cnt();
loader_.reset(new BatchDataset(batch_size, std::move(loader_)));
StartLoadThread();
}
};
可以看到，除了自己继承自 DataSet 的 MiniDataset 类之外，OneFlow 还内置了其他的 XXXDataSet，称为修饰器。
修饰器可以在已有的 DataSet 基础上增加额外功能，如以上的 BatchDataset 用于批量读取数据。DataSet 修饰器均在 user/data 目录，常见的修饰器有：
• BatchDataset：用于批量读取数据
• RandomShuffleDataset：用于将数据的顺序随机化
• GroupBatchDataset：用于更定制化地组 batch，会把相同 group id 的数据实例放在同一个 batch 内
• DistributedTrainingDataset：用于分布式的情况下，把一个 epoch 内的数据平均分配到不同节点读取
• 一切完成后，最后调用 StartLoadThread，顾名思义，启动加载线程，在 StartLoadThread 中，最终会触发重写的 MiniDataset::Next 方法。
以上 MiniDataReader 的构造，可以作为模板，没有特殊要求，在实现自定义的 DataLoader 过程中，不需要修改。
MiniDataset
对于 MiniDataSet，只需要关心它的构造函数以及重写的 Next 方法。
构造函数主要是通过 Attr 获取用户的配置，然后根据用户配置，初始化输入流。以下代码中的 JoinDirPath 内部，主要根据数据集文件名的约定（前缀、文件数目，文件名编号是否补齐等），获取所有的文件名称；而 InitInStream 是将数据集中的文件，都初始化为 OneFlow 封装的输入流（in_stream_ 成员），这在后续的 Next 方法中会使用。
MiniDataset(user_op::KernelInitContext* ctx) {

current_epoch_ = 0;
shuffle_after_epoch_ = ctx->Attr(“shuffle_after_epoch”);

//Join Dir Path
JoinDirPath(ctx);

// in stream
InitInStream(ctx);

}
从文件中加载的逻辑，写在 Next 虚函数中：
LoadTargetPtrList Next() override {

LoadTargetPtrList ret;
LoadTargetPtr sample_ptr(new TensorBuffer());

std::string sampleline;
if (in_stream_->ReadLine(&sampleline) != 0) {
  ShuffleAfterEpoch();
  in_stream_->ReadLine(&sampleline);
}

auto numbers = CommaSplit(sampleline);
sample_ptr->Resize(Shape({2}), DataType::kDouble);
auto pNums = sample_ptr->mut_data<double>();
pNums[0] = std::stod(numbers[0]);
pNums[1] = std::stod(numbers[1]);
ret.push_back(std::move(sample_ptr));

return ret;

}
在以上代码中，通过调用 in_stream_ 的 ReadLine 方法，将文件中的数据，读取至 string 对象 sampleline 中。然后通过 CommaSplit 等操作，将字符串按逗号分隔，并转为浮点数，放置到 TensorBuffer 对象中。
值得一提的是，in_stream_ 有2种方法从文件中读取数据，分别是：
int32_t PersistentInStream::ReadLine(std::string* l);
int32_t PersistentInStream::ReadFully(char* s, size_t n);
ReadLine 读取文件中的一行，至 l 对象；ReadFully 读取 n 个字节的数据，至 s 所指向的内存。均以0作为成功时的返回值。
MiniDataSet 完成从文件到内存缓冲区的工作，接着，将使用 MiniParser，将缓冲区中的内容，设置到 Op 的输出中。
MiniParser
MiniParser 继承自 Parser，只需要重写其中的 Parser 方法即可：
class MiniParser final : public Parser {

public:
using LoadTargetPtr = std::shared_ptr;
using LoadTargetPtrList = std::vector;

void Parse(std::shared_ptr batch_data,
user_op::KernelComputeContext* ctx) override {

user_op::Tensor* out_tensor = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex(“out”, 0);
double* dptr = out_tensor->mut_dptr();

MultiThreadLoop(batch_data->size(), [&](size_t i) {
  TensorBuffer* buffer = batch_data->at(i).get();
  dptr[i*2]= *(buffer->data<double>());
  dptr[i*2+1]= *(buffer->data<double>()+1);
});

}
};
Parser 包含2个参数，其中 batch_data 其实是一个封装了的 vecotr，这个容器内的每个元素，就是之前 MiniDataSet 通过 Next 读取的数据。参数 ctx 使得可以获取 Op 的信息，在这里，主要通过 ctx 获取输出，并获取指向输出缓冲区的指针 dptr。
注意，将 batch_data 中的数据设置到 Op 的输出 dptr 的过程中，使用了宏 MultiThreadLoop。MultiThreadLoop 可以让的循环逻辑在多线程中执行，它接受2个参数，第一个参数为循环的总次数；第二个参数是一个回调函数，原型为 void callback(size_t i)，OneFlow 会创建多个线程，然后并发调用这个回调函数。回调函数的参数 i 表明了当前循环的序号，使得可以根据 i 来划分数据，完成自己的业务逻辑。
在以上的代码中，通过 batch_data->at(i).get() 获取了缓冲区的第 i 个的数据，然后将其设置到输出的内存区的第 i 行的位置，一共2列。
Data Preprocessor 算子
Data Preprocessor 算子，其实就是一种普通的算子，接受 DataReader 的输出作为自己的输入，然后通过运算后，输出一个或者多个 Blob。
在 ofrecord_decoder_ops.cpp 可以看到针对 OFRecord 数据的各种预处理操作（以解码为主）。
的 Mini Dataloader 处理的数据比较简单，因此 MiniDecoder 所做的工作也很简单，仅仅是将 DataReader 所输出的每行2列的数据，拆分为2个每行1列的输出 x 与 y。
Mini Decoder 的 Op 注册为：
REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP(“mini_decoder”)
.Input(“in”)
.Output(“x”)
.Output(“y”)
.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe {

user_op::TensorDesc* in_tensor = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex(“in”, 0);
user_op::TensorDesc* out_tensor_x = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex(“x”, 0);
user_op::TensorDesc* out_tensor_y = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex(“y”, 0);
// 设置输入输出 Blob 的属性
// …
})
.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext* ctx) -> Maybe {

ctx->NewBuilder()
.Split(user_op::OpArg(“in”, 0), 0)
.Split(user_op::OpArg(“x”, 0), 0)
.Split(user_op::OpArg(“y”, 0), 0)
.Build();
//…
});
Mini Decoder 的 Kernel 的实现：
class MiniDecoderKernel final : public user_op::OpKernel {

//…
void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx) const override {

user_op::Tensor* in_blob = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex(“in”, 0);
user_op::Tensor* out_blob_x = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex(“x”, 0);
user_op::Tensor* out_blob_y = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex(“y”, 0);

int64_t record_num = in_blob->shape().At(0);

const double* input = in_blob->dptr<double>();
double* out_dptr_x = out_blob_x->mut_dptr<double>();
double* out_dptr_y = out_blob_y->mut_dptr<double>();

MultiThreadLoop(record_num, [&](size_t i){
  *(out_dptr_x + i) = *(input+i*2);
  *(out_dptr_y + i) = *(input+i*2 + 1);
});

}
//…
};
可见，在 MiniDecoderKernel::Compute 中主要是获取到输入 in_blob，然后在多线程循环 MultiThreadLoop 中，将输入的数据拆分到 out_dptr_x 与 out_dptr_y 中，分别对应了输出 x 与 y。
自定义 DataLoader 的使用
如自定义 Op 一文中所描述，要使用 C++ 层编写的 Op，还需要在 Python 层封装一个 Python Wrapper。这些工作放到了 test_mini_dataloader.py中：
def MiniDecoder(
input_blob,
name = None,
):
if name is None:
name = “Mini_Decoder_uniqueID”
return (
flow.user_op_builder(name)
.Op(“mini_decoder”)
.Input(“in”, [input_blob])
.Output(“x”)
.Output(“y”)
.Build()
.InferAndTryRun()
.RemoteBlobList()
)

def MiniReader(
minidata_dir: str,
batch_size: int = 1,
data_part_num: int = 2,
part_name_prefix: str = “part-”,
part_name_suffix_length: int = -1,
random_shuffle: bool = False,
shuffle_after_epoch: bool = False,
shuffle_buffer_size: int = 1024,
name = None,
):
if name is None:
name = “Mini_Reader_uniqueID”

return (
    flow.user_op_builder(name)
    .Op("MiniReader")
    .Output("out")
    .Attr("data_dir", minidata_dir)
    .Attr("data_part_num", data_part_num)
    .Attr("batch_size", batch_size)
    .Attr("part_name_prefix", part_name_prefix)
    .Attr("random_shuffle", random_shuffle)
    .Attr("shuffle_after_epoch", shuffle_after_epoch)
    .Attr("part_name_suffix_length", part_name_suffix_length)
    .Attr("shuffle_buffer_size", shuffle_buffer_size)
    .Build()
    .InferAndTryRun()
    .RemoteBlobList()[0]
)

在 test_mini_dataloader.py 中，使用自己实现的 MiniReader 与 MiniDecoder 加载并解码了数据集（part-000 与 part-001）中的数据，完成了一次训练。
Mini Dataloader 的编译与测试¶
进入到本文对应的 data_loader 目录。修改 Makefile 文件中的 ONEFLOW_ROOT 变量为 OneFlow 源码路径。然后通过
make
可生成 miniloader.so 文件。
然后运行 test_mini_dataloader.py 脚本，可以使用 Mini Dataloader 加载数据并完成训练。
python test_mini_dataloader.py

发布者：全栈程序员-用户IM，转载请注明出处：https://javaforall.cn/142710.html原文链接：https://javaforall.cn

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