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Lefse分析
Lefse(LDA Effect Size)分析是一种用于发现和解释高维度数据的基因、通路和分类单元相关等生物标识的分析工具,通常可以进行两个或多个分组的比较,能够找出组与组之间有差异的生物标识。在微生物多样性分析中,Lefse可用来分析微生物的组间差异,如菌群差异等等。TUTUCLOUD云平台提供在线做Lefse分析的工具,可获得LDA值分布柱状图以及特征表。
TUTU网站工具使用
小编给大家介绍一个在线作图工具,lefse分析方法如下:
①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录;
③登录后在全部工具那一栏找到lefse分析,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~
上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等);
b)丰度文件表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID等等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
参数设置
在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)
下载文件
点击“运行”开始作图,点击“下载”保存图片或者表格(表格内容可先复制到记事本中查看)。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。
作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。
写作建议
XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户,如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助,我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们,引用方法如下:XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com/#/index), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段,使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~
发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/132104.html原文链接:https://javaforall.cn
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