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光信快速取消1技能_生信技能树笔记软件人鼠基因转换之首字母大写首字母大小写转换但是有个问题,并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。#改进版本human_gene<-c(“PTPRC”,”EPCAM”,”MME”,”CD3G”,”CD3E”,”CD68″,”CD79A”,”RP11-34P13.8″)#若干人类基因upper_low<-function(var){var=tolower(var)first_letter=toupper(substr(var,

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人鼠基因转换之首字母大写

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  1. 首字母大小写转换
    但是有个问题,并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。
#改进版本
human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
upper_low  <- function(var) { 
   
  var = tolower(var)
  first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) )
  word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 ))
  return(word)
}
mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low)

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2.在R包homologene里有张基因对应表
同时已经有可以转换的代码可用
homologene(genes, inTax, outTax)
genes:需要查找同源基因的基因列表
inTax:输入基因所属物种
outTax:查找的同源基因属于那个物种

3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表;简书链接附上
https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799?ivk_sa=1024320u

4.R包 biomart转换

hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"),
                filters = "hgnc_symbol",
                values = hsaGeneInfo$symbol,
                mart = human,
                attributesL = c("mgi_symbol"),
                martL = mouse,uniqueRows = T)
head(hsa2mus_all)
length(hsaGeneInfo$symbol)
nrow(hsa2mus_all)

5.ensymble实现
https://www.ensembl.info/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/

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