光信快速取消1技能_生信技能树笔记软件

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。如果您正在找激活码,请点击查看最新教程,关注关注公众号 “全栈程序员社区” 获取激活教程,可能之前旧版本教程已经失效.最新Idea2022.1教程亲测有效,一键激活。

Jetbrains全家桶1年46，售后保障稳定

人鼠基因转换之首字母大写

我爱抄作业

1. 首字母大小写转换
   但是有个问题，并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。

#改进版本
human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
upper_low  <- function(var) { 
   
  var = tolower(var)
  first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) )
  word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 ))
  return(word)
}
mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low)

Jetbrains全家桶1年46，售后保障稳定

2.在R包homologene里有张基因对应表
同时已经有可以转换的代码可用
homologene(genes, inTax, outTax)
genes：需要查找同源基因的基因列表
inTax：输入基因所属物种
outTax：查找的同源基因属于那个物种

3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表；简书链接附上
https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799?ivk_sa=1024320u

4.R包 biomart转换

hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"),
                filters = "hgnc_symbol",
                values = hsaGeneInfo$symbol,
                mart = human,
                attributesL = c("mgi_symbol"),
                martL = mouse,uniqueRows = T)
head(hsa2mus_all)
length(hsaGeneInfo$symbol)
nrow(hsa2mus_all)

5.ensymble实现
https://www.ensembl.info/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/