是那个基于perl的Circos

Mac/Linux的安装可以参考之前的文章【传送门】

Window安装会有点麻烦

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官网教程必读内容

这不是一个手把手教程，所以如果想解circos的使用，推荐以下官网内容。

第0章 Installation and Configuration

3. Configuration Files – Syntax, Colors, Fonts and Units
4. Colors
5. Data Files

这一章能让你对circos的语法，所需文件，配置文件有所了解。

第1章Quick Start

1. Hello World
2. Ticks & Labels
3. Ideogram Selection, Scale, Color & Orientation
4. Links & Rules
5. Histograms
6. Axes & Backgrounds
7. Heat Maps & Colors
8. Text
9. Automation & Macros

这一个章会带你将基本流程过一遍，循序渐进，每一个小节都是基于之前生成的图，增加新的元素，学起来很轻松。第9节是一个高级的用法，有一点类似于做for循环，可以暂时略过。过完这一章之后，基本就理解circos的原理了。每个元素的设置可以等用到的时候再看前往相应的教程。 

第8章Recipes

19. Cortical Maps—Connectograms

因为大部分的例子都是chromosome的，这里介绍了如何画Cortical map的方法，需要在这里了解所需的文件格式。

注意：他们提供了一个perl的脚本，帮你把结果转化成circos所需的文件。挣扎几下之后运行成功了，不过发现此代码只适用于左右一 .一对应的模板（比如AAL)。所以需要自己写code，可以用任何熟悉的语言，python/R/Matlab，将要呈现的结果转成circos所需的格式。

最好的学习方式是自己下载教程，边运行代码边学习。推荐VS code，设置三个窗口，左上的窗口调试代码，修改你想测试的参数，右边的窗口显示图片，下面是terminal，执行circos的命令。这样你可以几乎实时看到修改参数的效果。

理解力超强的童鞋，也可以直接看网页版的Configuration。这里的内容更像是给用户的速查手册。

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基本概念和文件形式

看完必看教程后，会发现Circos比想象中的容易，软件作者已经把轮子都造好了，需要做的就是把数据做成软件所需要的格式，调整参数即可。由于旁支末节太多，如果面面俱到的写跟翻译没什么区别了，所以这里只记录一些关键的信息。官网提供的教程是最好的参考。

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ideogram

一般是最外面的那一圈默认使用chromosome，如需使用network/nodes时需要自定义ideogram的文件。它起到的是reference的作用，比如一个ROI呈现在9点钟方向，那么之后这个ROI相应的数据（内圈）也会呈现在9点钟方向。

文件格式如下

chromosome就是network，band就是network中的ROI/node，最后一列是自定义颜色的名称，也可以用circos内置的颜色名称。如果使用了自定义的颜色，需要将颜色的配置写进circos.conf中。中间的数字是chromosome(network)和band(node)的长度，使用统一的unit即可。

这文件做好保存为segment.txt放在data文件夹中。

在之后的主配置文件中定义karyotype为我们制作的ideogram即可，注意这里用的unit是100，需要和chromosome/band的unit对应的。

ideogram的配置文件定义的是ideogram的呈现方式。

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2D tracks

每一圈添加的元素，可以是heatmap/text/histogram/scatter/line，数据格式和用法都大同小异。注意以下几点即可

• 每个track用<plot></plot>封装

• 所有的track使用<plots></plots>封装

• 使用相对位置（r）定义它相对于ideogram的起始位置

• 使用绝对位置（p）定义它相对于整个画布的起始位置

• 如果你设置起始位置（r0和r1）的距离不够，元素可能不会显示

2D trancks的文件格式如下

数据做好后同样保存在data中

创建配置文件，即可选择以什么样的方式呈现该数据。

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2D links

由于我的数据并没有links，所以这里用chromosome的例子。同样的原理，保存Links的数据，写配置文件即可实现添加ROI之间的连接。

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进阶

使用circos稍微有些tricky的部分便是添加条件判断和循环，作者的例子讲的也很清楚。以下只是简单的笔记。

条件判断使用的<rule>模块的逻辑判断是element-wise的，相当于帮你内置了一个for循环，每个符合条件的元素就会进行赋值和绘图。这里要用到一点点perl基本语法。以下代码实现不同数据（0，1，2）用不同颜色/形状呈现。

如果要在每一圈都用相同形式的2d track，但是载入不同的数据，此时就需要使用循环，实现每次载入一个不同的文件，同时改变该圈数据的位置。circos给你了一个counter函数，每次画一个圈就会得到一个指针，用这个指针做循环就行了，需要了解基本的语法。

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Bonus

通过加载自定义font，可以画一些好玩的内容

像极了看到结果的我

Dafont.com 是不错的font来源，有很多有意思的内容?