lammps教程:薄膜渗透模拟(3)–不同孔隙率对过滤效果的影响

lammps教程:薄膜渗透模拟(3)–不同孔隙率对过滤效果的影响本文是薄膜渗透过滤的最后一篇文章:不同孔隙率薄膜建模。孔隙或空位缺陷的建模原理比较简单:删除一定数量的原子就可以。lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子,如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求,需要用编程的方法删除原子。delete_atomsporosity命令可随时产生设定比例的原子,如删除50%的原子:delete_atomsporositymembrane0.5482793membrane为原子组0.5为删除原子的比例482793为随机数种子

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。如果您正在找激活码,请点击查看最新教程,关注关注公众号 “全栈程序员社区” 获取激活教程,可能之前旧版本教程已经失效.最新Idea2022.1教程亲测有效,一键激活。

Jetbrains全系列IDE使用 1年只要46元 售后保障 童叟无欺

本文是薄膜渗透过滤的最后一篇文章:不同孔隙率薄膜建模。
孔隙或空位缺陷的建模原理比较简单:删除一定数量的原子就可以。
lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子,如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求,需要用编程的方法删除原子。
delete_atoms porosity命令可随时产生设定比例的原子,如删除50%的原子:

delete_atoms porosity membrane 0.5 482793
  • membrane为原子组
    0.5为删除原子的比例 482793为随机数种子,取任一正整数即可。

初始模型和删除50%原子后的薄膜对比:
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

模拟结果为:
在这里插入图片描述

模拟in文件为:

#编写:Simon Gravelle
boundary	s p p
pair_style	lj/cut 2.5
neigh_modify 	every 1 delay 5 check yes
#读取模型文件
read_data	data.lammps
region		right block 0 INF INF INF INF INF
#原子分组
group		solid type 1 2 3
group		piston_right type 3
group		membrane type 2
group		piston_left type 1
group		fluid type 4 5
group		solvent type 4
group		solute type 5
#排除墙原子之间的作用力
neigh_modify 	exclude group solid solid
#按比例删除薄膜原子
region        membrane block -0.25 0.25 INF INF INF INF
delete_atoms     porosity membrane 0.5 482793
#温度初始化
velocity 	fluid create 1.0 4928459 mom yes rot yes dist gaussian
fix        mynve all nve
compute        temperature_fluid fluid temp
fix        mylgv fluid langevin 1.0 1.0 0.1 1530917 zero yes
fix_modify    mylgv temp temperature_fluid
thermo_modify    temp temperature_fluid
#固定薄膜
fix        mysf1 membrane setforce 0 0 0
fix        mysf2 piston_left setforce NULL 0 0
fix        mysf3 piston_right setforce NULL 0 0
#两侧施加压力
variable    F equal 0.01
fix        myaf1 piston_left aveforce ${ 
   F} NULL NULL
fix        myaf2 piston_right aveforce -${ 
   F} NULL NULL
#统计过滤后的溶质和溶剂原子数量
variable    solvent_right equal count(solvent,right)
variable    solute_right equal count(solute,right)
variable    position_piston_left equal xcm(piston_left,x)
variable    position_piston_right equal xcm(piston_right,x)
#输出统计记过
fix        myat1 all ave/time 10000 1 10000 v_solvent_right file solvent_right.dat
fix        myat2 all ave/time 10000 1 10000 v_solute_right file solute_right.dat
fix        myat3 all ave/time 10000 1 10000 v_position_piston_left file position_piston_left.dat
fix        myat4 all ave/time 10000 1 10000 v_position_piston_right file position_piston_right.dat
fix        myat5 all ave/time 10 1000 10000 f_mysf1[1] file force_membrane.dat
#输出轨迹文件
dump        mydmp all atom 10000 dump.xyz
thermo        10000
run        5000000

公众号:lammps加油站

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/197630.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)


相关推荐

  • 数据库置疑问题解决

    数据库置疑问题解决资料一1、停止数据库server,将数据库MDF文件和LDF文件复制备份一份2、启动数据库server,删除置疑的数据库3、仅用备份的数据库MDF文件附加数据库,sp_attach_db或者sp_at

  • 设计模式之组合(compose)模式

    树形结构在软件中随处可见,比如操作系统中的目录结构,公司组织结构等等,如何运用面向对象的方式来处理这种树形结构是组合模式需要解决的问题。组合模式通过一种巧妙的设计方案来使得用户可以一致性地处理整个树形

    2021年12月28日
  • 数据结构–链表的排序详解

    数据结构–链表的排序详解1、前言前面两篇博客,我已经把线性表的两种基本的表示形式,做了一个基本的介绍和一些对比。但是,我突然发现在链表这里我缺少一个很重要的内容,那就是对我们的链表进行排序,其实,在连接两个链表的时候,就要求我们的那两个链表是有序的。2、链表排序—最简单、直接的方式(直接采用冒泡或者选择排序,而且不是交换结点,只交换数据域)//线性表的排序,采用冒泡排序,直接遍历链表voidListsort(Nod

    2022年10月11日
  • pycharm实现基于mysql关键词检索问题

    pycharm实现基于mysql关键词检索问题       后端是使用pycharm写的       单个关键词的检索实现如下:defadProQuery(): content=request.form.get(‘ad_proSearch’)#需要查询的内容ifcontentisNone:content=””pros=Cy_regist.query.f

  • EJB学习笔记一(EJB概述)

    EJB学习笔记一(EJB概述)1.前言从今天开始,简单的学习一下有关EJB方面的知识.从自己看EJB有关方面的书籍来看,感觉跟市面上的Spring很像,后来才发现,整个Spring框架实际上是参考了EJB的设计理念,由于学习过Spring,所以现在学习EJB的相关知识,并不是很吃力.接下来会在几篇博客中,简单的书写一下,自己的EJB的认识. 2.什么是EJBEJB全名为EnterpriseJa

  • 非平稳信号的频谱分析方法—(短时傅立叶变换)

    非平稳信号的频谱分析方法—(短时傅立叶变换)非平稳信号又称时变信号。对这一类信号,其一阶、二阶统计量和功率谱的估计显然不能简单的使用平稳信号的估计方法,必须考虑它们的时变因素。

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号