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接着我们之前复现过的一篇NC文章(复现《nature communications》散点小提琴图+蜜蜂图),有一张关于差异蛋白的火山图,但是不同的是他的阈值设定不是我们普通的横向纵向,而是曲线阈值!
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本来我以为这是一个个例,本篇文章作者博眼球的做法,但是检索了一下发现我付肤浅了,有很多文章,但是有一个特点,双曲线阈值应用在蛋白组差异基因的筛选上,这样的方式类似与“软阈值”吧,能够找到更显著的蛋白,值得在自己的研究中使用。
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(Reference:Proteomics of Melanoma Response to Immunotherapy Reveals Mitochondrial Dependence)
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(Reference:Proteomics in cerebrospinal fuid and spinal cord suggests UCHL1, MAP2 and GPNMB as biomarkers and underpins importance of transcriptional pathways in amyotrophic lateral sclerosis)
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(Reference:Platelet-Derived Microparticles From Obese Individuals: Characterization of Number, Size, Proteomics, and Crosstalk With Cancer and Endothelial Cells)
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这个图的做法和之前我们写过的ggplot做火山图同根同源(ggplot做火山图—添加任意基因标签|||突出显示标记基因)。我们的复现结果基本和这篇NC是一样的,有以下特点:
1、上下调基因阈值使用曲线。
2、上下调基因用不同颜色显示,且大小自定义,并显示基因名称。
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