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基因表达差异火山图
提到差异火山图,相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山(喷发),所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中,在基因表达层面,用于展示两组间表达量上调和下调的基因。常规的火山图中主要包含了两个重要信息,差异表达倍数(Fold Change值,简称FC,作图时会对FC进行log转化,根据logFC值的正负判断这些基因的表达量是上调了还是下调了)以及统计学显著性p值(p-value,通常是FDR校正后的p值,根据校正后p值判断基因表达量上调或下调是否具有显著性)。因此在判断差异基因时,与常规的统计学方法相比,除了p值,通常还会考虑差异倍数,即结合这两个统计结果筛选表达量显著上调或下调的基因(一般而言,差异倍数不能太小)。
如下图示例,癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。红色点代表了癌组织中表达量显著上调的基因,蓝色的点代表了表达量显著下调的基因,灰色的点或者p值未达到显著性水平,或者差异倍数太低不具生物学代表性。
作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式,差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件,作图就可以了。如上提到,limma、edgeR、DESeq2、EBSeq等方法可计算这些数值。
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