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RNAseq数据作图_做RNAseq结果不稳定

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RNAseq数据作图_做RNAseq结果不稳定在RNA-seq项目中，常见的结果包括：火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。1、火山图RNA-seq中，火山图（VolcanoPlot）显示了两个重要的指标：foldchange和校正后的pvalue，利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（f…

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在RNA-seq项目中，常见的结果包括：火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。
1、火山图
RNA-seq中，火山图（Volcano Plot）显示了两个重要的指标：fold change和校正后的p value，利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验p值的负对数-log10（padj）为纵坐标。
在这里插入图片描述
图示解释：
红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因，绿色点表示下调基因。
纵坐标，校正后的p-Value（padj）越小，表示差异越显著，对应的 -log10（padj）数值越大。
因此，左上角和右上角的点分别表示表达水平差异非常显著的下调基因和上调基因。
对于有生物学重复的样本，要求padj﹤0.05，所以，上图中红色点和绿色点均在1.3以上。在这里插入图片描述
2、韦恩图
韦恩图（维恩图）也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示，常用圆或椭圆表示。根据参与集合数，可将venn图分为二集合、三集合、四集合、五集合等。 可利用R语言来实现，比如使用R语言中的 Vennerable package。
在这里插入图片描述
图示解释：
在RNA-seq项目中，每个椭圆表示一个比较组合（处理组 vs对照组）中的差异基因，椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数，未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格，可以看到比较组合共有和特有的基因信息。在这里插入图片描述
3、聚类热图
热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客所在的地理区，用在RNA-seq中，热图可以表示图中某一个位置的基因的表达水平高低。聚类热图可用于判断不同实验条件下差异基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集，将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值，用于层次聚类、 K-means聚类和SOM聚类分析。热图可以通过R语言工具中的pheatmap实现。
在这里插入图片描述
图示解释：
聚类热图包含两个数据轴的信息，一个轴表示不同的实验处理条件/样本（如图中横轴），另一个轴表示不同的基因（如图中纵轴）根据聚类分析可以将不同样本中表达模式相同或相似的基因聚为一类。表达模式相似的基因可能具有相似的功能，共同参与同一代谢过程或存在于同一细胞通路中，因此，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，可以用于推测未知基因的功能或已知基因的新功能。
红色：表示基因表达水平高；蓝色：表示基因表达水平低。
聚类方式：双向聚类（如上图）可以根据某一基因在不同样本中的表达水平将样本聚类，同时可以根据某一样本中不同基因的表达水平将基因进行聚类。另有横向/纵向聚类、无向聚类。
4、折线图
log2(ratios)折线图展示的是各个基因在不同样本中表达量的变化趋势（表达模式）。表达模式相近的基因被聚为一类，根据基因的表达模式差异，会形成多个subcluster。

图示解释：
灰色线条表示一个cluster中的基因在不同实验条件下相对表达量（聚为一类的基因会有很多个，图中显示比较密集）
蓝色线条表示这个cluster中的所有基因在不同实验条件下相对表达量的平均值
x轴表示实验条件，y轴表示相对表达量。
以上涉及到的一些名词解释如下：
Fold change：变化倍数，标准化信号值之间的比值，这里指的是不同样本中read count值的比值。
p value：T检验用于判断两个平均数的差异是否显著的值。
q value：为经过多重校验后的p value，能更好地控制假阳性率。
Read count：在二代测序中，每个测序反应得到的序列为一个“read”，通过统计某一个“read”在整个测序中出现的次数即为read count，可以用read count表示RNA丰度。
FPKM（expected number of
Fragments Per Kilobase of transcript sequence per Millions base pairssequenced）， 即每百万fragments中来自某一基因每千碱基长度的fragments数目。理论上基因越长reads落在上面的概率越大，文库总量越大，reads落在每个基因上的概率也会随之提高，不能仅根据reads数来简单判断基因的表达水平，需要对它进行矫正，可以理解为消除了基因长度与文库大小的干扰，对于基因定量更为准确。

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欢迎使用Markdown编辑器

你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。

新的改变

我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用它写博客：

  1. 全新的界面设计 ，将会带来全新的写作体验；
  2. 在创作中心设置你喜爱的代码高亮样式，Markdown 将代码片显示选择的高亮样式 进行展示；
  3. 增加了 图片拖拽 功能，你可以将本地的图片直接拖拽到编辑区域直接展示；
  4. 全新的 KaTeX数学公式 语法；
  5. 增加了支持甘特图的mermaid语法1 功能；
  6. 增加了 多屏幕编辑 Markdown文章功能；
  7. 增加了 焦点写作模式、预览模式、简洁写作模式、左右区域同步滚轮设置 等功能，功能按钮位于编辑区域与预览区域中间；
  8. 增加了 检查列表 功能。

功能快捷键

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无序列表：Ctrl/Command + Shift + U
有序列表：Ctrl/Command + Shift + O
检查列表：Ctrl/Command + Shift + C
插入代码：Ctrl/Command + Shift + K
插入链接：Ctrl/Command + Shift + L
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合理的创建标题，有助于目录的生成

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
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以此类推，我们支持6级标题。有助于使用TOC语法后生成一个完美的目录。

如何改变文本的样式

强调文本 强调文本

加粗文本 加粗文本

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H2O is是液体。

210 运算结果是 1024.

插入链接与图片

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居中的图片: Alt

居中并且带尺寸的图片: Alt

当然，我们为了让用户更加便捷，我们增加了图片拖拽功能。

如何插入一段漂亮的代码片

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// An highlighted block
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一个简单的表格是这么创建的：

项目 Value
电脑 $1600
手机 $12
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设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列 第二列 第三列
第一列文本居中 第二列文本居右 第三列文本居左

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Authors

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如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。2

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 Γ ( n ) = ( n − 1 ) ! ∀ n ∈ N \Gamma(n) = (n-1)!\quad\forall n\in\mathbb N Γ(n)=(n−1)!∀n∈N 是通过欧拉积分

Γ ( z ) = ∫ 0 ∞ t z − 1 e − t d t   . \Gamma(z) = \int_0^\infty t^{z-1}e^{-t}dt\,. Γ(z)=∫0∞​tz−1e−tdt.

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能，丰富你的文章

Mon 06 Mon 13 Mon 20 已完成 进行中 计划一 计划二 现有任务 Adding GANTT diagram functionality to mermaid
  • 关于 甘特图 语法，参考 这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：

张三 李四 王五 你好！李四, 最近怎么样? 你最近怎么样，王五？ 我很好，谢谢! 我很好，谢谢! 李四想了很长时间, 文字太长了 不适合放在一行. 打量着王五… 很好… 王五, 你怎么样? 张三 李四 王五

这将产生一个流程图。:

链接

长方形

圆

圆角长方形

菱形

  • 关于 Mermaid 语法，参考 这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图：

Created with Raphaël 2.2.0 开始 我的操作 确认？ 结束 yes no
  • 关于 Flowchart流程图 语法，参考 这儿.

导出与导入

导出

如果你想尝试使用此编辑器, 你可以在此篇文章任意编辑。当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ，生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。

导入

如果你想加载一篇你写过的.md文件，在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入，
继续你的创作。

  1. mermaid语法说明 ↩︎

  2. 注脚的解释 ↩︎

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