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概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。
tophat工作分两步:
1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。
2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点。
用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2]
<index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,例如,index文件存放在当前目录下的index文件夹,文件的名字是hg19.*.*, index数据的文件应该是:./index/hg19,不用写到./index/hg19.*.*。参考基因组应该和index文件放在同一目录中。
reads:PE reads必须放在不同的两个文件中,文件名必须按照*_1, *_2的规范成对出现。如:A.reads1_1.fastq B.reads1_1.fastq A.reads1_2.fastq B.reads1_2fastq
常用options:
-o | –output default: ./tophat_out 输出的文件夹路径。
-r | --mate-inner-dist default: 50 成对的reads之间的平均inner距离。例如:fragments长度300bp,reads长度50bp,则其inner距离为200bp,该值该设为200。
–mate-std-dev default:20 inner距离的标准偏差。
-a | --min-anchor-length default: 8 read的锚定长度:该参数能设定的最小值为3;锚定在junction两边的reads长度只有都大于此值,才能用于junction的验证。
--library-type Tophat处理的reads具有链特异性。比对结果中将会有个XS标签。一般Illumina数据的library-type为 fr-unstranded。
-G | –GTF 提供基因模型的注释文件,GTF 2.2 或者 GFF 3 格式的文件。如果设置了该参数,Tophat 则先提取出转录子序列,然后使用Bowtie2将reads比对到提取的转录组中;只有不能比对上 的reads再比对到genome;比对上的reads再打断转变成genomic mappings;再融合新 的mappings和junctions作为最后的输出。 值得注意的是GTF/GFF文件代表chromosome和contig的第一列要和bowtie index中的 参考序列名一致。
参考文章:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_8808cae20101amqp.html
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