分子生物学数据库

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

核酸研究（NAR）对所有的分子生物学数据库进行分类， 见 NAR Database Summary Paper Category List，包括：

Nucleotide Sequence Databases （核酸数据库）
RNA sequence databases （RNA序列数据库）
Protein sequence databases  （蛋白质序列数据库）
Structure Databases  （结构数据库）
Genomics Databases (non-vertebrate) （非脊椎动物基因组数据库）
Metabolic and Signaling Pathways  （代谢和信号通路数据库）
Human and other Vertebrate Genomes （人类及其他脊椎动物基因组数据库）
Human Genes and Diseases （人类基因和疾病数据库）
Microarray Data and other Gene Expression Databases （微阵列数据和其他基因表达数据库） 
Proteomics Resources （蛋白质组学资源数据库） 
Other Molecular Biology Databases  （其他分子生物学数据库）
Organelle databases  （细胞器数据库）
Plant databases （植物数据库）
Immunological databases  （免疫学数据库）
Cell biology （生物学数据库）

一些著名的机构有

NCBI

National Center for Biotechnology Information
美国国家生物技术信息中心
收录：GenBank、PubMed、dbSNP等数据库
提供：Entre、BLAST等检索工具

EMBL

European Molecular Biology Laboratory
欧洲分子生物学实验室

EBI

European Bioinformatics Institute
欧洲生物信息学研究所
EMBL于1992年创立的一个分支机构

EMBnet

European Molecular Biology Network
欧洲分子生物学网络

NIG

National Institute of Genentics
日本国立遗传学研究所
管理 DDBJ 数据库：
Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan

SIB

Swiss Institute of Bioinformatics
瑞士生物信息学研究所

国内网站

北京大学生物信息中心
中国科学院上海生命科学研究所生物信息中心
华大基因

数据库

GenBank

内容涵盖：EST（表达序列标签）、GSS（基因组勘测序列）、RefSeq（参考序列）、TPA（第三方注释）、PDB（蛋白质结构数据）等。
检索工具：Entrez → 支持复杂的逻辑检索，核苷酸、蛋白质、文献数据等。
\quad\quad\quad\quad BLAST → 序列相似性搜索

实例：

打开NCBI网站，选择 $Nucleotide$，输入 $humanVANGL2$，输出界面（显示202个条目）的左边单击 $mRNA$，剩下116个条目，单击 $RefSeqtranscripts$，单击 $NM\_020335.3$。
目标网页（GenBank数据格式）
ACCESSION 表示登陆号（检索号），也可在 $Nucleotide$ 下直接输入 $NM\_020335$ 搜索。
$NM\_020335$是RefSeq的检索号。

NT→基因组的DNA重叠群
NM → mRNA序列
NP → 蛋白字序列
NC → 完整的基因组或染色体
NG → 基因组局部区域