分子生物学数据库

分子生物学数据库核酸研究(NAR)对所有的分子生物学数据库进行分类,见NARDatabaseSummaryPaperCategoryList,包括:NucleotideSequenceDatabases(核酸数据库)RNAsequencedatabases(RNA序列数据库)Proteinsequencedatabases(蛋白质序列数据库)StructureDatab…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

核酸研究(NAR)对所有的分子生物数据库进行分类, 见 NAR Database Summary Paper Category List,包括:

Nucleotide Sequence Databases (核酸数据库)
RNA sequence databases (RNA序列数据库)
Protein sequence databases  (蛋白质序列数据库)
Structure Databases  (结构数据库)
Genomics Databases (non-vertebrate) (非脊椎动物基因组数据库)
Metabolic and Signaling Pathways  (代谢和信号通路数据库)
Human and other Vertebrate Genomes (人类及其他脊椎动物基因组数据库)
Human Genes and Diseases (人类基因和疾病数据库)
Microarray Data and other Gene Expression Databases (微阵列数据和其他基因表达数据库) 
Proteomics Resources (蛋白质组学资源数据库) 
Other Molecular Biology Databases  (其他分子生物学数据库)
Organelle databases  (细胞器数据库)
Plant databases (植物数据库)
Immunological databases  (免疫学数据库)
Cell biology (生物学数据库)

一些著名的机构有

NCBI

National Center for Biotechnology Information
美国国家生物技术信息中心
收录:GenBank、PubMed、dbSNP等数据库
提供:Entre、BLAST等检索工具

EMBL

European Molecular Biology Laboratory
欧洲分子生物学实验室

EBI

European Bioinformatics Institute
欧洲生物信息学研究所
EMBL于1992年创立的一个分支机构

EMBnet

European Molecular Biology Network
欧洲分子生物学网络

NIG

National Institute of Genentics
日本国立遗传学研究所
管理 DDBJ 数据库:
Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan

SIB

Swiss Institute of Bioinformatics
瑞士生物信息学研究所

国内网站

北京大学生物信息中心
中国科学院上海生命科学研究所生物信息中心
华大基因

数据库

GenBank

内容涵盖:EST(表达序列标签)、GSS(基因组勘测序列)、RefSeq(参考序列)、TPA(第三方注释)、PDB(蛋白质结构数据)等。
检索工具:Entrez → 支持复杂的逻辑检索,核苷酸、蛋白质、文献数据等。
\quad\quad\quad\quad BLAST → 序列相似性搜索

实例:

打开NCBI网站,选择 N u c l e o t i d e Nucleotide Nucleotide,输入 h u m a n    V A N G L 2 human\; VANGL2 humanVANGL2,输出界面(显示202个条目)的左边单击 m R N A mRNA mRNA,剩下116个条目,单击 R e f S e q    t r a n s c r i p t s RefSeq \; transcripts RefSeqtranscripts,单击 N M _ 020335.3 NM\_020335.3 NM_020335.3
目标网页GenBank数据格式
ACCESSION 表示登陆号(检索号),也可在 N u c l e o t i d e Nucleotide Nucleotide 下直接输入 N M _ 020335 NM\_020335 NM_020335 搜索。
N M _ 020335 NM\_020335 NM_020335是RefSeq的检索号。

NT→基因组的DNA重叠群
NM → mRNA序列
NP → 蛋白字序列
NC → 完整的基因组或染色体
NG → 基因组局部区域

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/157266.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)


相关推荐

  • Android截图命令screencap[通俗易懂]

    查看帮助命令bixiaopeng@bixiaopeng~$adbshellscreencap-vscreencap:invalidoption–vusage:screencap[-hp][-ddisplay-id][FILENAME]-h:thismessage-p:savethefileasapng.-d:speci

  • 使用protractor操作页面元素「建议收藏」

    使用protractor操作页面元素「建议收藏」Protractor是为AngularJS应用量身打造的端到端测试框架。它可以真实的驱动浏览器,自动完成对web应用的测试。Protractor驱动浏览器使用的是WebDriver标准,所以使用起来与其他语言实现的WebDriver库大体相同。当然,我说大体相同那肯定还是有不同的地方。一旦不注意这些不同的地方就会坑到你(我就被成功坑过,所以才有了这篇文章)。Protractor编写测…

    2022年10月27日
  • 数据结构完全二叉树性质

    数据结构完全二叉树性质完全二叉树若二叉树左子树高度-右子树高度小于等于1且大于等于0则称该二叉树为完全二叉树。二叉树一般性质:性质1:二叉树第i层上的结点数目最多为2i−1(i≥1)2^{i-1}(i\geq1)2i−1(i≥1)性质2:深度为k的二叉树至多有2k−1(k≥1)2^{k-1}(k\geq1)2k−1(k≥1)个结点性质3:包含n个结点的二叉树的高度至少为log⁡2n+1\log_2n+1log2​n+1性质4:在任意一棵二叉树中,若叶子结点的个数为n0n_0n0​,度为2的结点数为n2n_2n

  • 默认情况下安装的应用程序C盘后提示权限不足,当你开始介意。。。

    默认情况下安装的应用程序C盘后提示权限不足,当你开始介意。。。

  • 国内期货软件开发_正规期货外盘平台

    国内期货软件开发_正规期货外盘平台期货软件搭建-期货软件开发-期货平台搭建,要想做期货软件开发定制,网站的安全性和稳定性非常重要,要搭建一款安全有保障的期货软件,找专业的金融软件搭建公司是必不可少的,那么期货软件开发,期货平台搭建的流程特点有哪些呢?  1.要搭建好用的软件,软件的部署成本和软件的易用性要好一款成熟稳重的期货软件,要经得起时间的推敲,很多公司通过购买软件给到用户,其实他们满足不了二次开发的需求,导致软件更新和后期维护上面根本维护不了。2.要搭建期货平台,价格一定要合理,不要贪图小便宜好的期货平台搭建很多人贪图小便宜,

  • android attrs获取_Android中如何利用attrs和styles定义控件

    android attrs获取_Android中如何利用attrs和styles定义控件一直有个问题就是,Android中是如何通过布局文件,就能实现控件效果的不同呢?比如在布局文件中,我设置了一个TextView,给它设置了textColor,它就能够改变这个TextView的文本的颜色。这是如何做到的呢?我们分3个部分来看这个问题1.attrs.xml2.styles.xml3.看组件的源码。1.attrs.xml:我们知道Android的源码中有attrs.xml这个…

    2022年10月18日

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号