生物信息通识课 – 让实验者了解生信，让生信人快速入门「建议收藏」

生物信息在生物研究中应用越来越多，生物各个分支的学生和教师不可避免与生信打些交道，简单到使用在线工具查找基因的功能，在线工具做些常规分析，到设计一个高通量测序实验，从公司提供的报告中分析结果，再到自己用写好的流程进行生信分析，或自己写代码独立进行生信分析。

但生物实验者和生信分析者之间总隐约存在一个小沟，迈过去了，沟通愉快，合作无碍；迈不过去，矛盾重重，难以调和。这里面没有谁对、谁错，问题出在各自的常识 (知识背景)不同。

实验科学家以为 “你们做生信的不都是写好pipeline的吗？怎么那么久还没分析好？”，”计算机不是很厉害吗？我随便给个文件名都找不到？我这个ID也是基因ID，为啥不能做富集分析，电脑不会自己匹配吗？”，”给你个差异基因列表，给我做个GSEA”，”从(常规)转录组中找下miRNA的表达”, “我测了CTCF的ChIP-seq，给我预测下增强子”，”我不做重复了，直接比吧”, “来，咱做个网络吧” … 通常实验科学家的大部分问题，对分析人员来说都是一个课题。

当然这个小沟，对想学习生信的朋友也是不可绕过，又难以逾越的。生信中的每一个基本概念，每一个原理，小到热图的行列代表什么，火山图的横轴纵轴代表什么，到GO富集分析的原理，GSEA的原理，序列比对的原理，基因定量的规则，差异基因鉴定的原理，ATAC-seq的原理，再到GSEA需要什么样的输入数据，结果应该如何解释，共表达网络和调控网络的区别，染色质三维结构能帮我做什么，肠道菌群分析怎么设计，再到代码如何写，写在哪，在哪运行，常见错误是什么，软件怎么装，装不上是为什么，再到如何能更快的进行任务并行化和流程化。通常生信初学者的大部分问题, 对入门早的人来说都是一个伪命题。

为此，我们特开设一门生物信息通识课，也算作生信入门课，希望能为生物实验者更好的理解生信工具和技术提供一个方便，帮助生信初学者快速入门。

课程涉及主要内容如下：

生物信息基本知识和概念

1. 生物信息是什么，能解决哪些问题，有哪些应用

2. 高通量测序有哪些类型和应用，smRNA-seq，RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C，scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。

3. 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点

4. 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用

5. 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出，也可现场提出)

生物信息文章解读

1. CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)

2. 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读

3. CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制

常见数据库使用

1. 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白

2. 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因

3. 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息

4. 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系

常见本地软件使用

1. Cytoscape绘制网络图

2. Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化

3. Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络

4. Cytoscape进行GO富集分析和可视化

5. Cytoscape进行文献挖掘，探索基因功能

6. GSEA本地软件使用和结果解读

7. 其它软件后续补充

R语言基础和图形绘制，在线绘图和图形排版

1. 在线绘图工具介绍

2. 图形修改和排版

3. R语言数据处理和绘图入门

生信Linux基础和常用软件介绍

1. 生信软件安装基本概念和操作

2. 生信Linux基础学习

3. 在windows下如何利用简单命令转换文件格式，提取序列，ID匹配，为常用软件提供数据输入格式等

4. 生信分析软件举例和适用范围介绍

当然，以上列出的也只是一部分内容，更多的还希望各位朋友踊跃提出，定制专属课程。

主讲教师

陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell (IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research X 2，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文11余篇，SCI收录8篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章245篇，关注人数2.9万人，累计阅读近400万次。

助教团队

十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2018-12-14 到 2018-12-16 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：提前一天或者当天都可以

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

1. 截止 2018-12-08  4199 元/人

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

2. 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)

4. 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）

5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）

注意事项 *

1. 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统，4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台

2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊

3. 上课期间禁止录音，录像

4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款

5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)

6. 不可先延期再退款 

复制以下链接http://www.ehbio.com/Training/ 或 扫描下方二维码跳转报名页，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

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写在后面

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