大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。
首先是lefse的安装
由于lefse使用的环境比较早，建议使用conda虚拟环境的方式安装，可以省掉不少麻烦
conda create -n lefse python=2.7 python=2.7 #python这里选成2.7否则会卡住
环境安装完成后，进入环境安装lefse
source activate lefse
conda install lefse
等lefse 自动安装完成以后，可以用lefse-plot_cladogram.py 来调用绘图，具体可以查看bioconda的官方文档
另外完全按照这个程序走，会报错没有 axis_bgcolor() 这个参数，一开始的想法是去lefse-plot_cladogam.py修改这个参数 axis_bgcolor() 改成facecolor() 不过尝试过以后发现不只是bgcolor这一个参数改动了，很多参数都有变化，如果只改这一个图还是会很奇怪。
后来发现是matplotlib的版本问题，降低版本就可以解决。
直接降低到最早的版本会报错
/usr/include/time.h:37:10: fatal error: bits/types/clock_t.h: No such file or directory
找了半天，找到1.5.3的版本还是可以用的。（之后就更新到2.0了，大概大改都发生在这边）。
在lefse环境里卸载matplotlib重装
pip uninstall matplotlib
pip install matplotlib==1.5.3
正常安装完成
再尝试下
lefse-plot_cladogram.py test.res test.svg
正常了
之后是改变颜色，这个比较简单
进入envs目录，然后找到 lefse-plot_cladogram.py 打开，最前面有一段
colors = ['r','g','b','m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
dark_colors = [[0.4,0.0,0.0],[0.0,0.2,0.0],[0.0,0.0,0.4],'m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
然后直接改这边的颜色就行
上下对应都要改。
顺便，lefse的图真的好看。
发布者：全栈程序员-用户IM，转载请注明出处：https://javaforall.cn/142089.html原文链接：https://javaforall.cn
【正版授权，激活自己账号】： Jetbrains全家桶Ide使用，1年售后保障，每天仅需1毛
【官方授权 正版激活】： 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...
