Lefse本地运行并更换颜色

Lefse本地运行并更换颜色首先是lefse的安装由于lefse使用的环境比较早,建议使用conda虚拟环境的方式安装,可以省掉不少麻烦condacreate-nlefsepython=2.7python=2.7#python这里选成2.7否则会卡住环境安装完成后,进入环境安装lefsesourceactivatelefsecondainstalllefse…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

首先是lefse的安装

由于lefse使用的环境比较早,建议使用conda虚拟环境的方式安装,可以省掉不少麻烦


    conda create -n lefse python=2.7 python=2.7 #python这里选成2.7否则会卡住

环境安装完成后,进入环境安装lefse


    source activate lefse

    conda install lefse

等lefse 自动安装完成以后,可以用lefse-plot_cladogram.py 来调用绘图,具体可以查看bioconda的官方文档

lefse安装说明

另外完全按照这个程序走,会报错没有 axis_bgcolor() 这个参数,一开始的想法是去lefse-plot_cladogam.py修改这个参数 axis_bgcolor() 改成facecolor() 不过尝试过以后发现不只是bgcolor这一个参数改动了,很多参数都有变化,如果只改这一个图还是会很奇怪。
后来发现是matplotlib的版本问题,降低版本就可以解决。
直接降低到最早的版本会报错

/usr/include/time.h:37:10: fatal error: bits/types/clock_t.h: No such file or directory

找了半天,找到1.5.3的版本还是可以用的。(之后就更新到2.0了,大概大改都发生在这边)。
在lefse环境里卸载matplotlib重装

pip uninstall matplotlib

pip install matplotlib==1.5.3

正常安装完成
再尝试下

lefse-plot_cladogram.py test.res test.svg

正常了

之后是改变颜色,这个比较简单

进入envs目录,然后找到 lefse-plot_cladogram.py 打开,最前面有一段


colors = ['r','g','b','m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
dark_colors = [[0.4,0.0,0.0],[0.0,0.2,0.0],[0.0,0.0,0.4],'m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']

然后直接改这边的颜色就行
上下对应都要改。

顺便,lefse的图真的好看。

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