1. 全栈程序员必看首页

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

全栈程序员-用户IM • • 未分类

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程软件简介MicrobiomeHelper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helpermicrobiomehelp结合不同组…

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

软件简介

Microbiome Helper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。

文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper

image

microbiome help结合不同组的生物信息方法，整理优化了多套16S/18S/ITS/metagenome的分析流程，并且不断更新更好的方法。

相关软件提供详细的安装教程，同时全部流程也整体打包，可用 – Virtualbox虚拟机直接上手分析数据。

软件教程

教程主页：
https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki

image

教程的优点

  • 作者提供了一系列的输助脚本，使微生物组、宏基因组数据分析更加自动化；
  • 制定了扩增子、宏基因组数据分析的标准操作流程(SOPs)，解决软件选择问题
  • 教程包括测试数据，示例结果，常见问题答疑，让你学得会，看得懂；
  • 提供了扩增子(6G)和宏基因组(20G)的虚拟机下载，解决新人软件安装困难的问题。

教程列表

在教程主页右侧有导航列表，提供每个教程的链接，主要包括以下内容。

实验操作Wet-Lab Protocols

  • 扩增子测序标准流程 Microbiome Amplicon Sequencing Workflow

扩增子标准分析流程16S/18S/ITS SOPs

  • 细菌古菌16S Bacteria/Archaea SOP
  • 真核生物18S Eukarya SOP
  • 真菌ITS2 Fungi SOP

宏基因组Metagenomic SOPs

  • 宏基因组流程18版Metagenomics SOP v2
  • 宏基因组流程17版Metagenomics Tutorial

其它教程

  • 16S扩增子 16S Tutorial
  • 非聚类OTU鉴定DADA2 16S Tutorial
  • 功能预测PICRUSt Tutorial
  • 功能预测+新菌鉴定PICRUSt Tutorial with de novo Variants
  • 并行计算Intro to GNU Parallel
  • 下载公共数据Download From SRA
  • 随机森林Random Forest Tutorial in R
  • 暑期课程 2017 Summer School
  • 其它教程 Other tutorials

提供有测试数据、代码和虚拟机的教程，赶快访问 https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki 上手学习吧。

如果你自己想学习独立分析微生物组数据，但又存在入门困难，欢迎报名我们在北京鼓楼7月份的宏基因组专题课程！详见 《7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！》

宏基因组专题培训

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。

你能学到什么

当时信息大爆炸时间，专业科研人才必须具备大数据分析解读能力。大数据分析解决所需要求知识多而杂，自学时间成本高。参加培训获得经验、内部资料和代码、高效解决问题是当今科研人员不二的选择。

深彻理解生物测序数据的基本思想

image

宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析

  • 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
  • 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
  • Denovo宏基因组拼接和binning
  • 结果的差异比较和可视化

image

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家，促进相互认识和了解

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 原价 6999 元/人，
    截止 2018-06-29 4199 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)
  2. 名额有限，每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。

  1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
  2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
  3. 多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
  4. 零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
  2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
  3. 上课期间禁止录音，录像。
  4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

image

复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

宏基因组相关学习资源

自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该早己成为本领域的专家了。

1. 基础理论教程
– 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
– 宏基因组分析教程
– 4500元的微生物组培训资料

2. 分析实战有参系列：
– MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
– HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2

3. 分析实战De novo系列:
– 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
– 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
– 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
– 4基因注释Prokka
– 5基于Kmer比较数据集sourmash
– 6不比对快速估计基因丰度Salmon
– 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
– 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
– 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
– 10绘制圈图-Circos安装与使用

如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

猜你喜欢

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1500+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
image

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
image

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 举报，一经查实，本站将立刻删除。

发布者：全栈程序员-用户IM，转载请注明出处：https://javaforall.cn/141607.html原文链接：https://javaforall.cn

【正版授权，激活自己账号】： Jetbrains全家桶Ide使用，1年售后保障，每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】： 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

赞 (0)
全栈程序员-用户IM全栈程序员-用户IM
0 0


相关推荐

  • 双击pycharm没反应_pycharm为啥运行不了

    双击pycharm没反应_pycharm为啥运行不了

    双击pycharm没反应_pycharm为啥运行不了PYCHARM双击无反应初识python和深度学习，按网上教程安装好anaconda和pycharm后，发现anacondanavigator，pycharm以及anaconda里装好的jupyternotebook都启动不了。。。只能通过.bat打开最后还是网上大神nb，成功解决了我的问题，下面是我看到的三种解决方法1.重置winsock（未解决我的问题）以管理员身份打开cmd输入命令netshwinsockreset重启电脑2.修改pycharm64.exe.vmoption

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年8月27日
  • 语音信号处理知识点

    语音信号处理知识点

    语音信号处理知识点语音信号处理过程的总体结构：语音输入–>预处理–>数字化–>特征提取预处理：对信号适当放大和增益控制，并进行反混叠滤波来消除工频信号干扰数字化：进行A/D转换特征提取：用反映语音信号特点的若干参数来代表语言 共振峰：当把声道看成一个发音的腔体的时候，激励的频率达到他的固有频率，则声道会以最大的振幅来振荡，即产生共鸣，这个频率称为共振频率(forman…

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年5月26日
  • Linux系统磁盘分区及挂载 – fdisk[通俗易懂]

    Linux系统磁盘分区及挂载 – fdisk[通俗易懂]

    Linux系统磁盘分区及挂载 – fdisk[通俗易懂]本文关键字：文件系统，磁盘分区，格式化，挂载。当我们拿到一块新的硬盘时，他所能够支持的最大空间只是代表硬件上的一个参数，我们要想让他能够正常的工作起来，必须要有相应的文件系统。文件系统决定了文件存储和管理时的方式和数据结构，也就是如何管理磁盘上的文件和文件夹。不同的文件系统拥有不同的特点，这也就是为什么我们在进行格式化操作必须要选定一种文件系统的原因。

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年8月11日
  • GO Excel 转 JSON （完整代码）[通俗易懂]

    GO Excel 转 JSON （完整代码）[通俗易懂]

    GO Excel 转 JSON （完整代码）[通俗易懂]packagemainimport( “fmt” “github.com/xuri/excelize/v2” “io/ioutil” “os” “path/filepath”)funcinit(){}//配置文件目录varconfigPathstring=”../../Configs”varoutjsonPathstring=”./json/”funcgetFileList(pathstring)[]string{ varall_f.

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年5月8日
  • malloc函数的用法(超级白话版)[通俗易懂]

    malloc函数的用法(超级白话版)[通俗易懂]

    malloc函数的用法(超级白话版)[通俗易懂]malloc函数的用法在这里，我不讲什么原理性的东西，我就单纯讲讲怎么用。首先malloc()函数返回的是void*类型，所以用的时候要进行强制类型转换malloc函数用完后，记得使用free()函数来释放空间，不然只分配不释放会出问题例L=(int*)malloc(sizeof(int));我们看到了先用int*进行了强制类型转换，说明L的类型为int*,⚠️如果你不进行强制类型转换，分配空间会报错sizeof(int)的意思是分配的字节数，分配和int类型一样的字节数，当然，

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年4月29日
  • js – form表单提交不刷新

    js – form表单提交不刷新

    大家已经发现了,当我们点击submit提交form表单的时候,他会刷新一次,如果不想它刷新的话有下面两种方法:利用iframe我们可以利用一个隐藏的iframe来实现,主要是我们把提交目标放到一个隐藏的iframe里,然后让iframe提交数据(ps:这个未实测,仅仅是网上提供的,我记录一下.以后遇到或者会试一下吧)<formaction=”…

    全栈程序员-用户IM 全栈程序员-用户IM
    2022年4月18日

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号