大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。
VMD分子模拟软件可到其官网进行下载。
软件介绍
VMD是由美国伊利诺大学开发的一款可视化分子模拟软件,相较于NAMD只能完成动力学模拟计算没有图形界面而言,VMD有图形界面,可用于分子建模、视图可视化和生物分子体系(蛋白质、核酸、脂质等)的分析。由于VMD可以读取PDB(Protein Data Bank)文件并能显示相应的结构,其应用能范围扩广到更多的分子体系上。VMD提供了非常多的渲染和着色方法,可用于各种分子的成像。并且,VMD还可以动态地显示分子动力学模拟过程中各原子轨迹,即以动画的形式展示整个分子模拟过程。
安装与测试
VMD分子模拟软件可到其官网进行下载,VMD有Windows和Linux版本,并且VMD还有相应的CUDA版本,可进行GPU加速计算。
Windows下安装过程较为简单。
在官网下载相应的Windows版本即可,Windows 版本的VMD安装文件后缀为msi,按照提示进行安装即可。
Linux下安装步骤如下:
以VMD1.8.7为例,首先,解压下载的压缩包,
进入解压目录,编辑configure:
$install_bin_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/bin”
$install_library_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/lib/$install_name”;
生成makefile:
./configure
安装:
make
install
设置环境变量:
登录到LB节点之后,在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容:
export PATH=$PATH:/home_home_soft/softx86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin
远程使用vmd的方法
安装Remote Graphics Receiver(GRS)软件,从RGS界面终端窗口登录到可视化节点,运行vmd命令即可。
发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/141420.html原文链接:https://javaforall.cn
【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛
【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...