vmd安装包_VMD分子模拟软件下载

vmd安装包_VMD分子模拟软件下载VMD分子模拟软件可到其官网进行下载。软件介绍VMD是由美国伊利诺大学开发的一款可视化分子模拟软件,相较于NAMD只能完成动力学模拟计算没有图形界面而言,VMD有图形界面,可用于分子建模、视图可视化和生物分子体系(蛋白质、核酸、脂质等)的分析。由于VMD可以读取PDB(ProteinDataBank)文件并能显示相应的结构,其应用能范围扩广到更多的分子体系上。VMD提供了非常多的渲染和着色方法…

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VMD分子模拟软件可到其官网进行下载。

软件介绍

VMD是由美国伊利诺大学开发的一款可视化分子模拟软件,相较于NAMD只能完成动力学模拟计算没有图形界面而言,VMD有图形界面,可用于分子建模、视图可视化和生物分子体系(蛋白质、核酸、脂质等)的分析。由于VMD可以读取PDB(Protein Data Bank)文件并能显示相应的结构,其应用能范围扩广到更多的分子体系上。VMD提供了非常多的渲染和着色方法,可用于各种分子的成像。并且,VMD还可以动态地显示分子动力学模拟过程中各原子轨迹,即以动画的形式展示整个分子模拟过程。

安装与测试

VMD分子模拟软件可到其官网进行下载,VMD有Windows和Linux版本,并且VMD还有相应的CUDA版本,可进行GPU加速计算。

Windows下安装过程较为简单。

在官网下载相应的Windows版本即可,Windows 版本的VMD安装文件后缀为msi,按照提示进行安装即可。

Linux下安装步骤如下:

以VMD1.8.7为例,首先,解压下载的压缩包,

进入解压目录,编辑configure:

$install_bin_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/bin”

$install_library_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/lib/$install_name”;

生成makefile:

./configure

安装:

make

install

设置环境变量:

登录到LB节点之后,在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容:

export PATH=$PATH:/home_home_soft/softx86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin

远程使用vmd的方法

安装Remote Graphics Receiver(GRS)软件,从RGS界面终端窗口登录到可视化节点,运行vmd命令即可。

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