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利用perl一键生成符合在线LEFse差异分析的Table表

LEfSe分析的在线+本地运行的详细教程参考刘尧博客

基于Picrust2进行宏基因预测后，我们往往需要对数据进行可视化话，其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。
LEFse –Galaxy平台：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy

use strict;
use warnings;
my $mapFile=$ARGV[0];
my $tableFile=$ARGV[1];
my %mapHash=();
open(MAP,"$mapFile")or die $!;
while(my $line=<MAP>)
{ 

chomp($line);
my @arr=split(/\s+/,$line);
$mapHash{ 
$arr[0]}=$arr[3];
}
close(MAP);
my %hash=();
my @samples=();
my %sumHash=();
open(RF,"$tableFile") or die $!;
while(my $line=<RF>)
{ 

next if($.==1);
my @arr=split(/\t/,$line);
if($.==2)
{ 

@samples=@arr;
next;
}
my $taxonomy=$arr[$#arr];
$taxonomy=~s/;/|/g;
$taxonomy=~s/(k|p|c|o|f|g|s)__//g;
$taxonomy=~s/\s+|\[|\]//g;
$taxonomy=~s/\|*$//g;
my @taxoArr=split(/\|/,$taxonomy);
my $taxSetp="";
for(my $tax=0;$tax<=$#taxoArr;$tax++)
{ 

if($tax==0)
{ 

$taxSetp=$taxoArr[$tax];
}
else
{ 

$taxSetp=$taxSetp . "|" . $taxoArr[$tax];
}
for(my $i=1;$i<$#samples;$i++)
{ 

${ 
$hash{ 
$taxSetp}}{ 
$samples[$i]}+=$arr[$i];
}
}
for(my $i=1;$i<$#samples;$i++)
{ 

$sumHash{ 
$samples[$i]}+=$arr[$i];
}
}
close(RF);
open(WF,">lefse_input.txt")or die $!;
#print WF "Taxonomy";
#for(my $i=1;$i<$#samples;$i++)
#{ 

# print WF "\t" .$samples[$i];
#}
#print WF"\n";
print WF "sampleType";
for(my $i=1;$i<$#samples;$i++)
{ 

print WF "\t" . $mapHash{ 
$samples[$i]};
}
print WF "\n";
foreach my $key(sort (keys %hash))
{ 

next if($key=~/Unassigned/);
print WF $key;
for(my $i=1;$i<$#samples;$i++)
{ 

print WF "\t" . ${ 
$hash{ 
$key}}{ 
$samples[$i]}/$sumHash{ 
$samples[$i]}*100;
}
print WF "\n";
}
close(WF);

将以上代码保存为lefse.pl, 然后cd到相应目录，将输入文件lefse_input.txt（以picrust2输出的meta表为例） ，和map文件 sample-meta.txt,放到该pl同一目录下，然后运行

perl lefse.pl 

然后就可以根据官方教程，进行上传生成LEFse分析表格。

更多微生物组学分析代码与方法，欢迎访问zlab仓库https://github.com/zlabx
参考文献：

docker安装Lefse和分析流程