如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图

如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图文章目录如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图写在前面美颜攻略扩展阅读Reference猜你喜欢写在后面如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图作者:赵维中国科学院天津工业生物技术研究所审稿:刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所写在前面关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图

作者:赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所

审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所

写在前面

关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它绘图,然而为什么同样的流程,我们做出来的图总是不如别人发在文章里的漂亮?比如,别人发表的图是这样的:

image

图1 Least discriminant analysis (LDA) effect size taxonomic cladogram comparing all samples categorized by four bacterial provinces.引自Wang Kai, Environmental Microbiology, 2015

而我做的图是这样的:

image

图2 我做的cladogram图

美颜攻略

下面就来告诉大家如何将图二美化成图一的样子:

首先,观察第一张图,仔细观察后发现该图漂亮的原因是作者只保留了具有显著差异的分类单元分支,而将无差异点(黄色)进行了过滤去除。

在一般流程下基于LEfSe分析获得的树图分支过多,主要由无差异点(黄色)造成。

于是,提示我们可以从LEfSe流程分析的中间文件.lefse_internal_res入手进行编辑:

将LEfSe分析第二步(LDA Effect Size)的结果文件Galaxy12-[B)LDA_Effect_Size(LEfSe)_on_data_11].lefse_internal_res下载下来,使用notepad编辑器打开,该文件记录了每一个分类单元在各组的统计差异显著性结果,打开如下:

image

我们要做的就是将其中具有显著差异的微生物挑选出来,以每一个差异分类单元为一行,单独制作成一个文件,这需要用到notepad的编辑功能:
首先,使用notepad的查找-标记,将差异显著的单元行进行标记;

image

然后,删除未标记行;

image

最后,将编辑好的文件保存,并再次上传至LefSe网站,注意上传文件格式type选择lefse_internal_res;

image

上传后,在分析界面直接选择Plot_Cladogram绘图即可。

image

按照上述步骤,我们一开始的(图2)分析结果,经优化后如下:

image

优化后的cladogram图减少了无差异的分类单元的出现,增大了差异微生物的扇面区,结果更加清晰美观。大家可以通过在线设置进一步调整图片的字体、大小等。

扩展阅读

Reference

LEfSe官网:http://huttenhower.org/galaxy/

Bacterial biogeography in the coastal waters of northern Zhejiang, East China Sea is highly controlled by spatially structured environmental gradients[J]. Environmental Microbiology, 2015, 17(10):3898-3913.

猜你喜欢

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
image

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
image

image

点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/133350.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)


相关推荐

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号