linux lefse分析,科学网-linux本地化进行lefse分析-林国鹏的博文

linux lefse分析,科学网-linux本地化进行lefse分析-林国鹏的博文注:参考来自网络,如侵权则删。##对应于上述A-F6个模块,本地版的命令行操作示例如下#A,设置LEfSe的数据格式,详情format_input.py-h#-c,指定class的行(必须指定);-s,指定sub_class的行(可缺省);#-u,指定subject_id的行(可缺省);-o,设置归一化值,默认-1即不执行标准化#注:版本问题,有时format_in…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

注:参考来自网络,如侵权则删。

##对应于上述 A-F 6 个模块,本地版的命令行操作示例如下

#A,设置 LEfSe 的数据格式,详情 format_input.py -h

#-c,指定 class 的行(必须指定);-s,指定 sub_class 的行(可缺省);

#-u,指定 subject_id 的行(可缺省);-o,设置归一化值,默认 -1 即不执行标准化

#注:版本问题,有时 format_input.py 命令找不到,可能为 lefse-format_input.py

#python format_input.py lefse_test.txt A_lefse_test.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

format_input.py lefse_test.txt A_lefse_test.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

#B,LEfSe 分析,详情 run_lefse.py -h

#-l 2.0,设定 LDA 得分的对数值的最低阈值为 2

run_lefse.py A_lefse_test.in B_lefse_test.res -l 2.0

23081f7d96d9fa5bd7960442401a958d.png

run_lefse.py A_lefse_test.in B_lefse_test.res -l 4.0

ad608dd4a7a78eecf347bdf1430497bb.png

#备注:对于 B 的输出,我们可以选择从中删一些不必要(不显著)的数据,

#以增强 C、D、E 作图时的美感

#C,绘制 LEfSe 得分值,详情 plot_res.py -h

#注:版本问题,有时 plot_res.py 命令找不到,可能为 lefse-plot_res.py

#lefse-plot_res.py B_lefse_test.res C_lefse_test.lda.pdf –format pdf –dpi 150 –width 16

plot_res.py B_lefse_test.res C_lefse_test.lda.pdf –format pdf –dpi 150 –width 16

#D,绘制进化分支图,详情 plot_cladogram.py -h

#注:版本问题,有时 plot_cladogram.py 命令找不到,可能为 lefse-plot_cladogram.py

plot_cladogram.py B_lefse_test.res D_lefse_test.cladogram.pdf –format pdf –dpi 150

645372ae0705a77459c751662d4c752b.png

a55a60b7f64f3bc1f03ee4140a08d1c0.png

#E,单张图的展示略,直接使用 F 绘制所有的图

#F,绘制差异特征,详情 plot_features.py -h

#注:版本问题,有时 plot_features.py 命令找不到,可能为 lefse-plot_features.py

mkdir -p F_out

plot_features.py A_lefse_test.in B_lefse_test.res F_out/lefse_test –format pdf –dpi 200

转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自林国鹏科学网博客。

收藏

分享

分享到:

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/131047.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)
blank

相关推荐

  • 基于pexels 图片素材api,整理出素材资源库

    基于pexels 图片素材api,整理出素材资源库

  • django实现分页_vue json

    django实现分页_vue json这里提供两种分页方法一种是手写分页,不常用,但是明白一下分页的逻辑实现第二种是用heyui提供的组件.很多功能都给封装好了,用起来也比较美观.手写分页后端接口classGoodList(APIView):defget(self,request):#当前页page=int(request.GET.get(‘page’,1))…

  • 图解GitHub和SourceTree 入门教程 使用教程

    图解GitHub和SourceTree 入门教程 使用教程–>本教程适用于github和bitbucket和gitee等主流代码托管仓库,个人认为sourceTree还是比较好用的git客户端,支持windows和macos,当然也不排斥使用纯命令行的朋友。sourceTree配合高级的命令行,可以很方便快速的应用到项目中。–>soureceTree的最新版本可能与此教程的screenshot有些许不同,但大同小异(source…

  • Jmeter教程(一) – 入门

    Jmeter教程(一) – 入门一、下载登录官网Jmeter下载,得到压缩包jmeter-5.0.tgz,下载地址:http://jmeter.apache.org/download_jmeter.cgi。二、安装将下载得到的压缩包解压即可,这里我解压到自己电脑的路径为E:\Mysoftware\apache-jmeter-5.0。三、运行点击bin目录下的jmeter.bat即可启动Jmeter。启动后可以看到…

  • powerbi怎么连接数据库_手机数据库APP

    powerbi怎么连接数据库_手机数据库APPbWAPP安装包下载:https://sourceforge.net/projects/bwapp/在已经安装好lamp环境的虚拟机上,将bWAPP安装包解压后放在/var/www/html目录下,更改配置文件/bWAPP/admin/下的settings.php文件,如图:访问一下:https://172.17.8.123/bWAPP/bWAPP/install.phphttps://IP地址/html下的bWAPP文件夹/bWAPP/install.php点击安装bWAPP:安装成功:点击

  • eclipse Java项目 动态Java项目 导入MySQL驱动jar包[通俗易懂]

    eclipse Java项目 动态Java项目 导入MySQL驱动jar包[通俗易懂]Java项目1复制驱动包到项目下2右键动态Java项目1将驱动包复制到lib目录下即可

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号