倾向得分匹配结果(倾向得分匹配后怎么进行回归)

原标题:手把手教你做倾向评分匹配-PSM本文首发于“百味科研芝士”微信公众号,转载请注明:百味科研芝士,Focus科研人的百味需求。各位科研芝士的朋友大家好,今天和大家分享一下新的知识点—PSM,或许大家早已听过这个名词了,或许你对它还是半知半解,不过没关系,希望可以通过今天的帖子帮助你对该名词有一定的理解。PSMPSM英文全称为PropensityScoreMatching,意思是倾向匹配…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

原标题:手把手教你做倾向评分匹配 -PSM

本文首发于“百味科研芝士”微信公众号,转载请注明:百味科研芝士,Focus科研人的百味需求。

各位科研芝士的朋友大家好,今天和大家分享一下新的知识点—PSM,或许大家早已听过这个名词了,或许你对它还是半知半解,不过没关系,希望可以通过今天的帖子帮助你对该名词有一定的理解。

PSM

PSM英文全称为Propensity Score Matching,意思是倾向匹配得分,炸一听?多么有学术气息呀

d220358ac5cc40f8b76168ba3416cd54.JPG

那么如何通俗的理解PSM模型呢?

举个例子,假设一列病人样本,一组服用了药物A,我们想要知道,如果病人服用了药物A,那么他生活质量是否提高了?他的生存时间是否提高了?

但我们首先面临一个问题,究竟是因为药物A的影响,所以生活质量和生存时间均提高了,还是由于患者本身所产生的差异。

此时可以通过寻找另一列病人样本,服用的则是安慰剂对照。也就是说当我们想研究药物A是否对生活质量和生存时间产生影响时,首先需要找两列在其他各方向均差不多的病人,如果此时二者在生活质量和生存时间上依然产生了差别,那么可以认为这种差异是由是否服用药物A这个因素造成的。这样的方法有一个专业的名词,即PSM。

官方的话语则是:为了探讨某因素(暴露或干预,下面统称处理因素)与结局的关系,需要设立对照组进行比较,其目地是控制非处理因素的干扰,突显处理因素的的效应。

但是在观察性研究中(如队列研究),研究对象是非随机分配的,这就会使混杂因素在两组中分配不均匀,导致处理因素和结局的关系受到混杂因素的干扰。

近几年在国外研究中用的比较广泛的控制混杂因素的方法—倾向性评分匹配(propensity score matching, PSM)。

之前我们平台推出了基于SPSS计算PSM,那我们今天采用R语言计算PSM,测试数据在后台回复PSM提供。

今天PSM推荐的包为MatchIt,一听名字就是做匹配用的。

下面进入正题,今天我们看看如何用MatchIt,进行PSM分析:

1. 安装并加载包,关于包的安装,已经讲过多次,直接上代码:

7a24511fe64f478497d732dbc51c7ff7.png

2.数据读取:

48993305cc35405fb7408d4b81e32d1c.png

数据如下:该数据包括四列信息,分别是年龄,性别,样本类型和病人的ID

cfbfbf23159a40e3b3cef6a3296f2072.png

接着我们查看样本组成

eb769379e0b74fd79af34dc0fa5e7f5b.png

我们发现该数据集中case样本包括250个,control样本包括1000个,接着我们需要对这两类样本进行匹配,匹配的协变量主要是性别因素和年龄因素。

3. 数据匹配,采用matchit函数,首先要定义一个逻辑变量,这一点非常重要:

3bdd2048079e431bb80f6b86723d7878.png

生存好逻辑变量之后,接着我们需要进行匹配

2989fdf25d5841fb86df50b9644a67f0.png

Matchit函数的第一个对象为一个表达式,因为进行了逻辑变量分组,接着把需要考虑的协变量放进去,这里主要是性别和年龄,method部分是我们要采取哪种方法进行匹配,一般默认为nearest,表示采取最近邻匹配法,该方法是PSM中最常见也最基本的方法,该方法是将处理组和对照组倾向性评分中最接近的个体进行匹配,当处理组个体全部匹配后,匹配结束,ratio代表匹配比例,当ratio=1,代表进行1:1匹配。

匹配结果展示:

5b1e9aa6b5764311aac577f4af549d93.png

aa2cba50837b4ec893c713c684cc1597.png

因为我们是250和1000进行匹配,可以看到在control 里面还有750个未匹配到。

5. 配对样本整理

2805a95927e245cdbec6f70e89ce4325.jpeg

我们按照组别排序,对配对样本整理,便看到左边三列是control组,右边三列是case组,

比如control4和case1进行了配对,则完成了样本之间的配对。

Ok,今天的推文就到这,我们分享了如何在基于R语言的PSM的计算,希望能对大家有所帮助,最后,欢迎大家多多交流。返回搜狐,查看更多

责任编辑:

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-用户IM,转载请注明出处:https://javaforall.cn/128653.html原文链接:https://javaforall.cn

【正版授权,激活自己账号】: Jetbrains全家桶Ide使用,1年售后保障,每天仅需1毛

【官方授权 正版激活】: 官方授权 正版激活 支持Jetbrains家族下所有IDE 使用个人JB账号...

(0)
blank

相关推荐

  • ssm框架过时了吗_mybatis分页插件

    ssm框架过时了吗_mybatis分页插件日志如果一个数据库操作,出现了异常,我们需要排错,日志就是最好的助手曾经:sout,debug现在:日志工厂掌握STDOUT_LOGGINGLOG4Jlog4j什么是Log4j?我们可以控制日志信息输送的目的地是控制台我们也可以控制每一条日志的输出格式通过定义每一条日志信息的级别,我们能够更加细致地控制日志的生成过程通过一个配置文件来灵活地进行配置,而不需要修改应用的代码。分页减少数据量selsect * from user limit startIndex,pageS

  • springsource sts 初使用

    springsource sts 初使用

  • linux tty_linux tty

    linux tty_linux ttyLinux中的tty与pts终端是一种字符型设备,它有多种类型,通常使用tty来简称各种类型的终端设备。tty是Teletype的缩写。 Teletype是最早出现的一种终端设备——可以称作电传打字机,由Teletype公司生产。tty在Linux系统的设备特殊文件目录/dev/下。终端特殊设备文件一般有以下几种:1、串行端口终端(/dev/ttySn)串行端口终端(Serial Port Terminal)是使用计算机串行端口连接的终端设备。计算机把每个串行端口都看作是一个字符设备。有段时间这

  • java时间类的使用和区别

    java时间类的使用和区别java中经常使用的6大时间类:java.util.Date              日期格式:年月日时分秒java.sql.Date               日期格式:年月日java.sql.Time               日期格式:时分秒java.sql.Timestamp          日期格式:年月日时分秒纳秒    从数据库中取出来的日期一般都用getTimestamp(…

  • Linux CentOS 7 中ssh界面乱码

    Linux CentOS 7 中ssh界面乱码

  • Jenkins(3)拉取git仓库代码,执行python自动化脚本[通俗易懂]

    Jenkins(3)拉取git仓库代码,执行python自动化脚本[通俗易懂]前言python自动化的脚本开发完成后需提交到git代码仓库,接下来就是用Jenkins拉取代码去构建自动化代码了新建项目打开Jenkins新建一个自由风格的项目源码管理Repository

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。

关注全栈程序员社区公众号